As doenças são consideradas, um dos maiores problemas a serem enfrentados pelo produtor de soja da região Sul, especialmente no Paraná.
Em geral, todas as doenças da soja são agressivas e imprevisíveis. Elas somente são perceptíveis quando já se encontram em uma fase avançada de seu ciclo, contribuindo para que as perdas se acumulem ainda mais. Para o controle adequado, é preciso utilizar a ferramenta ideal no momento correto.
As doenças que atacam a soja possuem sintomas e momentos diferentes, mas todas comprometem a produtividade da lavoura e causam enormes prejuízos. A antracnose, por exemplo, ataca a fase das vagens, enquanto a ferrugem pode surgir em qualquer fase de desenvolvimento da planta. Já o oídio costuma aparecer na fase de floração.
As principais doenças da soja que comprometem a produtividade da lavoura são:
Mancha-Alvo
O fungo é encontrado em praticamente todas as regiões de cultivo de soja do Brasil e, em áreas de alto risco, as perdas chegam a 50% da produção. Sobrevive em restos de cultura e sementes infectadas, podendo colonizar uma ampla gama de resíduos no solo. Condições de alta temperatura e umidade relativa são favoráveis à infecção na folha.
Causa lesões que se iniciam por pontuações pardas, com halo amarelado, evoluindo para grandes manchas circulares, de coloração castanho-clara a castanho-escura, atingindo até 2 cm de diâmetro.
Geralmente as manchas apresentam uma pontuação no centro e anéis concêntricos de coloração mais escura. Cultivares suscetíveis podem sofrer severa desfolha.
Antracnose 
A antracnose causada pelo fungo Colletotrichum truncatum é uma doença que vem crescendo nas últimas safras. Seu principal efeito é percebido na redução do rendimento, por estar estreitamente relacionada à infecção das vagens ou sob condições de infecção severa nas folhas durante o estágio de enchimento de grãos, sendo uma das principais doenças que afetam a fase inicial de formação das vagens. Pode causar perdas que variam entre 10% e 20% da produtividade.
A disseminação da antracnose ocorre a partir de sementes infectadas e restos culturais, sendo auxiliada pelo vento e chuva. Ela desenvolve-se, principalmente, em regiões com muitas chuvas e altas temperaturas, razões pelas quais o cerrado apresenta condições mais favoráveis para o estabelecimento da doença, sendo mais fortemente atingido.
A antracnose, apesar de se manifestar quando as plantas já estão crescidas, pode surgir de inóculos de cultivares anteriores e também de sementes infectadas. Isso pede uma solução preventiva, ou seja, que não espere os sintomas aparecerem.
Oídio 
Mais visível no começo da floração, o oídio é um parasita que ataca toda a parte exposta da soja acima do solo – folhas, hastes, pecíolos e vagens – e a qualquer momento do desenvolvimento do cultivar, o que pede uma solução rápida e, de preferência, preventiva, como a proporcionada pelo uso de Elatus.
Quando presente nas folhas, apresenta uma fina camada branca que, aos poucos, torna-se castanha.
Apesar de existir de norte a sul do Brasil, o parasita desenvolve-se mais facilmente em climas secos e com temperaturas amenas, e pode causar, assim como a ferrugem, desfolha precoce da soja. Foram relatadas perdas de até 10% decorrentes do oídio.
Ferrugem
A ferrugem asiática é o principal fungo que atinge as lavouras de soja no Brasil. Presente em todo o país por ser facilmente disseminada pelo vento, seu nome vem das pequenas manchas marrons, parecidas com ferrugem, que tomam conta do verso da folha (face abaxial).
Seu efeito: os pés de soja perdem as folhas precocemente, impedindo a formação completa e ideal dos grãos e comprometendo a produtividade – as perdas podem chegar a 50% da produtividade em condições ideais para o desenvolvimento da doença.
